Einhverfudeild hefur verið starfandi við skólann síðan árið 2014 og gengur undir nafninu Meistaradeild. Heimastofa nemanda eru bekkjarstofur deildarinnar en nemendur fylgja sínum árgöngum í kennslustundir eins og geta þeirra leyfir.

Markmið deildarinnar er að veita nemendum einstaklingsmiðaða kennslu og styðja við nám nemanda í almennu skólastarfi. Deildin er ein sjö sérdeilda fyrir börn með einhverfu í grunnskólum í Reykjavík en hinar sex eru í Hamraskóla, Fellaskóla, Foldaskóla, Langholtsskóla, Vogaskóla og Réttarholtsskóla. Deildin starfar samkvæmt deildarnámskrá og er hluti af skólanámskrá skólans. Sækja þarf formlega um inngöngu í deildina á þar til gerðum eyðublöðum sem nálgast má á vef Skóla-og frístundasviðs og skal það gert fyrir 1.mars ár hvert. Umsóknir skilist til skóla- og frístundasviðs, Borgartúni 12-14 eða til viðkomandi skóla. Með umsókninni þarf að fylgja staðfest greining. Sérstakt inntökuteymi fjallar síðan um umsóknina og tekur ákvörðun um inntöku.

Samkvæmt reglugerð um nemendur með sérþarfir í grunnskóla frá því í júní 2010 er markmiðið m.a, að nemendur fái jöfn tækifæri á eigin forsendum til náms og virkrar þátttöku í grunnskólum án aðgreiningar og fái fjölbreytt nám við hæfi í hvetjandi námsumhverfi. Allir nemendur deildarinnar eru skráðir í almenna bekki og er stefnt að því að nemendur taki eins mikinn þátt í almennu skólastarfi og kostur er.
Nemendur deildarinnar hafa einstaklingsnámskrá sem unnin er af starfsfólki deildarinnar í samráði við foreldra. Höfð er til hliðsjónar almenn námskrá þess aldurshóps sem nemandinn tilheyrir en auk þess er horft á getu, óskir og þarfir nemandans, ásamt óskum foreldra. Í einstaklingsnámskrá koma fram bakgrunnsupplýsingar um viðkomandi nemanda, staða í námi, markmið, leiðir til að ná áætluðu markmiði, upplýsingar um skipulag kennslu í kringum nemandann og námsmat.
Í skólastarfinu er lögð áhersla á fyrirsjáanleika þannig að með hjálp sjónræns stuðning hafa nemendur yfirsýn yfir dagsskipulag og atburðarás.

Nemendum í 1.- 4.bekk stendur til boða dvöl á frístundaheimilinu Krakkakoti eftir að skóla lýkur á daginn og eins yfir sumartímann. Nemendur í 6.-10.bekk eiga kost á að nýta sér þjónustu félagsmiðstöðva á vegum Reykjavíkurborgar sem eru fyrir nemendur með fötlun sem eru Hof, Höllin og Hellirinn.

Hér má sjá deildarnámskrá deildarinnar.